通过灌溉系统施肥(水肥一体化)的做法越来越受欢迎。一个经常被问到的问题是，水肥一体化好还是标准的颗粒肥好?这两种施肥方法各有明显的优点和缺点，在决定使用哪种方法之前需要考虑以下的几个方面。
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水肥一体化的优点：
1.水肥一体化的化肥使用效率要比颗粒肥料高得多。有研究表明，通过滴灌系统施加氮肥比施加等量的氮肥颗粒能够获得更高的产量和更大的植株。这可能是由于氮肥颗粒施加在土壤表面而导致肥力流失，液体氮肥则被直接施加到根部所以吸收更迅速。
2.使用水肥一体化大大减少人工开支。
3.使用水肥一体化可以更加精确地施加营养素。通过使用水肥一体化，营养能够更迅速地到达根部，而化肥颗粒需要通过微生物或/和水分解后才能向下渗透到根部。如果施用水肥一体化的时机正确，会给种植者带来很大益处，但是如果错过施用时机，水肥一体化的这项优点就不能得到体现。
水肥一体化的缺点：
1.水溶性肥料和预混肥料通常比颗粒肥料更加昂贵。这项增加的成本可以通过节省劳动力抵消。然而在大多数情况下水肥一体化依然更昂贵。
2.不规则施用可能会对作物产生伤害。施用水肥一体化最重要的一点就是保持施用频率的一致性。如果系统出现故障，或者未正确设置，有些作物可能会比其他作物得到更多的水和肥料。这样会导致一些作物得到太多的肥料以至于受到毒害，而其他作物又得不到足量的肥料。当然，施用颗粒肥料的时候这种情况也可能出现，但是是非常罕见的。
3.水肥一体化需要用到水，但是对渍水土壤再添加水会产生不好的影响。一般来说，第一次施肥是在刚刚萌芽后进行的，此时土壤已经非常湿润了。在这时向根部添加更多的水并不是个好主意，尤其是在已经发生烂根的地区。渍水土壤降低根部功能并且增加发生烂根的几率。
4.通过水肥一体化很难使pH值或土壤养分含量发生大规模的变化。如果需要使土壤PH值或某种营养素发生大规模变化，通过水肥一体化来实施是非常昂贵的。对于这种需求，颗粒肥料更适合也更便宜。
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这两种施肥方法各有用处并且互不排斥。他们可以，也应该结合起来使用，使种植者得到最大的回报。例如，一些种植者发现可以在生长季初期使用颗粒肥料，然后再使用水肥一体化和叶面施肥来满足作物的营养需求。总之，种植者需要认真地思考和考虑来决定在什么时期使用哪一种施肥措施。