多数情况下，无土栽培设施在运行之初，基本不会发生病虫害，而当随着栽培使用时间的延长，不知不觉中，病虫害就发生了。无土栽培如果不注重环境保洁和规范操作，可能一开始就会遭到污染。从异地（主要是蔬菜产区）调进蔬菜苗，不小心就把产地或在运输途中把异地病虫害带进了你新建的温室和栽培系统，造成初次侵染。
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1、如果本来就在一个老温室环境下改造建起无土栽培系统，那风险就自然存在了。因为这一环境的土壤和室外地表及空气环境，充满了病菌孢子，在温室设施表面的每一处缝隙中，也都隐藏有各种病菌和昆虫。所以，在改造做无土栽培之前，必须充分考虑到这些外界因素对无土栽培的危害风险，必须纠正自己的片面认识，不要认为采用了无土栽培技术，你的蔬菜作物就高枕无忧了。
2、必须综合治理温室内外的环境，温室内外地表严禁裸露堆放各种作物的枝蔓、烂叶、病虫果实，必须集中发酵处理或焚烧。
3、对地表土壤应进行封闭隔离，室外不栽培的区域可以种植非蔬菜作物覆盖地表或覆盖园艺地布来封闭土壤表面，防止大风起尘土将病菌、小型昆虫也吹进温室内的栽培系统。温室环境在栽培前应进行高剂量（常规有作物时的1倍以上）药物熏蒸消毒，把所有温室设施表面的病菌、小型昆虫彻底消灭。在温室的出入口、通风口，都应考虑设置缓冲与过滤装置，隔离病虫害的入侵通道，在一定程度上可以延缓和减轻病虫害的发生，降低无土栽培的技术风险。
4、室内地面除了要严格隔离土壤以外，主要操作道、人行道可以考虑硬化或半硬化处理，在打扫卫生过程中，既不可在地面干燥情况下打扫，也不可在地表有积水的情况下打扫，要十分留意在搞卫生的过程中，一是由于尘土飞扬而将地表病虫随尘土带入栽培系统；二是因污水飞溅而将病虫溅入栽培系统。