有机生态型无土栽培体系中水分管理是关键技术之一，其水分供应机制与营养液无土栽培系统不同，营养和水分的供给是分开进行的。
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1、不能同时提供水分和营养，水分除直接供应作物所需外，还是溶解固态肥料的溶剂，只有水分与养分良好协调，才能保证固态肥充分释放出来被作物吸收，为作物的正常生育提供相对稳定的养分浓度。
2、水分的供应量还对根际的空气、温度、湿度、微生物活动等微环境造成重要的影响。目前水分的管理主要有两个指标，一是根据基质的含水量，二是根据作物的需水量，通常情况下需要两个指标综合考虑进行灌水。
3、基质的含水量一般用相对含水量表示，作物生长前期基质适宜含水量为50～70%，作物生长中后期适宜含水量为70～80%，早春、晚秋和冬季基质适宜含水量要低于晚春、早秋和夏季。
4、基质含水量可以通过手捏的方式确定，一捏成团，含水量一般为50～70%，可根据成团基质的散团容易度进一步确定，难散的基质团比易散的基质团含水量高；一捏指缝浸水或滴水，含水量一般大于70%，出水越多，含水量越高。
5、根据作物的需水量是指对作物的灌水量，果菜、瓜果类作物生长前期适宜灌水量为50～200ml/天/株，生长中后期适宜灌水量为300～1500ml/天/株；叶菜类作物适宜灌水量为400～2000l/天/株。早春、晚秋和冬季灌水量要少于晚春、早秋和夏季，阴天、下雨天灌水量要少于晴天或停浇。