1、在基质栽培中的使用，首先必须通过高温发酵，以免将病源微生物及虫卵、草籽带入栽培系统。其次必须经烘干并粉碎至颗粒小于3毫米，作基肥时可以直接与基质混合均匀，以肥源的有效成份含量多少来确定混合量，一般每立方米基质中可混入纯鸡粪10～15千克，或饼肥15～20千克，或其他种类有机肥20～50千克不等。
2、做追肥时可以有两种用法：采用表面撒施的方法，施用后直接滴灌清水，这种方法的缺点是必需人工施肥，而且只能表面追施，易出现基质表面浓度高，中、下部浓度低的现象，不利于根系对养分的平衡吸收；追施法就是将有机肥加入水中浸泡24h以上，用80目以上的网纱过滤，取肥液加入营养液池中，通过水泵及滴灌系统均匀供液。
3、肥液兑水稀释至电导浓度1.8～2.5ms/cm，PH值调至5.5～6.5之间，这种供给方法的效果比较稳定，也比较均匀，不会有烧根现象。单一采用有机肥时还必须根据不同有机肥的主要大量元素含量，来确定添加无机肥的种类和用量，以确保作物对各种养分的全面均衡吸收。
4、鸡粪中含钙、磷较多，含氮此之，含钾最少，所以长期用鸡粪追肥时必须配合钾肥和氮肥的使用，可以在10千克鸡粪中混入1.5～2.0千克的硫酸钾或硝酸钾进行追施。