无土栽培生产中常用自来水和井水作为水源，有些地方还可以通过收集温室或大棚屋面的雨水来作为水源。
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1、以自来水作为水源使用，因其价格较高而提高了生产成本。但由于自来水是经过处理的，符合饮用水标准，因此作为无土栽培生产的水源在水质上是较有保障的。
2、以井水作为水源，要考虑到当地的地层结构，开采出来的井水也要经过分析化验。如果是通过收集雨水作为水源，因降雨过程会将空气中的尘埃和其他物质带入水中，所以应将收集的雨水澄清、过滤，必要时可加大沉淀剂或其他消毒剂进行处理。
3、空气污染严重，则不能够利用雨水作为水源。有些地方在开展无土栽培生产时，也把较为清洁的水库水或河水作为水源，这时要特别注意不能够利用流经农田的水作为水源。采用何种水源，视当地的情况而定，在使用前都必须经过水质的分析化验，以确定其适用性如何。
4、不管采用何种水源，无土栽培要求有足够的水量供配制营养液用，尤其在夏天不能缺水。例如，番茄在生长旺盛期，据测定每株每天耗水1-1.5L，因此无土栽培的用水量是相当大的。
5、一般而言，如果当地的年降雨量超过1000mm 以上，则通过收集雨水可以完全满足无土栽培生产的需要。在实际无土栽培生产中，如果单一水源水量不足时，可以把自来水和井水、雨水、河水等混合使用，又可降低生产成本。