病虫害以预防为主，不是简单的来到前或发病后打药的问题，而是一个综合防治的过程，是结合环境调控、物理防治、化学防治的过程。
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1、目前种子消毒的方法有很多，普遍采用的是温汤侵种（取种子体积5倍的55℃温水，把干种子用纱布包上或直接投入温水中，不断搅拌使水温自然降至室温）和磷酸三钠浸种（把温汤处理后的种子转入20%的磷酸三钠溶液中浸泡10～20分钟，取出用清水冲洗干净）
2、前者主要起到杀灭真菌病害和虫卵的作用，后者主要起到杀灭病毒的作用。如虫害的防治首先温室需要有防虫设施――防虫网，在虫子少量发生的时候就需要进行化学防治，打杀虫效果好残留低的农药，打药的同时还可以使用黄板、蓝板诱杀等。
3、病害的防治也是一样，首先应从作物生长的环境调控入手，很多病害的发生都是因为高湿引起的，因此应该尽量使温室的湿度保持在相对较低的水平，如出现连阴雨天或外界温度太低而使温室内湿度增大时，就需要用硫磺薰蒸器或烟薰剂薰蒸的办法来预防病害的发生。
4、最好不要用喷雾的方法进行防治，因为喷雾会进一步增大湿度。当然在平时发现某种病害已有少量发生，首先弄清楚它是什么病害，其最适宜的发病条件是什么，如果分析出它会进一步发展，这时可以选用高效低毒的特效农药进行防治。
如果温室环境条件不适于其发展，可以不进行喷治，密切注意其发展，防止出现乱打药的情况。