有机蔬菜无土栽培顺应了现代农业的发展趋势，水肥一体化技术既可节省劳动力成本，又可保障作物生长过程中水肥的合理供给。而且，无土栽培结合一定的生态防治措施，能够有效地阻止外源病虫害的侵染，大大降低了有机蔬菜在生长过程中病虫害的发生，使有机蔬菜在栽培过程中绝对不喷施农药及其他化学制品成为可能，从而实现有机蔬菜高产、优质的目的。
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有机蔬菜栽培定植前，要做好充分的准备工作。
首先，闷棚高温消毒。在夏天高温季节，对空棚进行密闭，使棚内温度达60℃以上，密闭1周以上，可杀灭大多数病原细菌。
其次，栽培槽装填基质。将经过充分腐熟的基质使用前进行翻晒，使发酵的气体散去，即可装填进栽培槽，基质略低于栽培槽面。
最后，铺设滴灌带。将滴灌带顺着栽培槽平铺于基质上并接通有机营养液水塔水管，栽培槽基质上滴灌带的铺设方法由不同的栽培作物而定，一般茄果类等双行种植的有机蔬菜只需在中间铺一条滴灌带，叶菜类等3行或4行种植的蔬菜可以在两排之间各铺一条滴灌带。总之，滴灌带铺设应喷滴均匀，使每株蔬菜获得相等的水肥。
以上工作完成后，就可以进行有机蔬菜的定植，将预先育好的壮苗，按照一定的株行距整齐地定植于栽培槽内，然后打开营养液管阀门，调节好喷滴的压力，使水肥喷滴均匀,即可实现水肥一体化灌溉。定植后的有机蔬菜栽培管理主要有科学的肥水、光照、温度、空气的管理，必要的整枝理蔓和人工辅助授粉及病虫害生态防治等。
有机蔬菜栽培初次定植滴灌带喷滴水量以将基质充分湿透（微有少量水从排水孔流出）为宜，以后的肥量主要根据有机蔬菜的长势及生育期通过合理调节有机营养液的浓度来控制，水量调节则根据具体情况而定。
①不同的蔬菜作物需水量不同。例如对水量需求从大到小依次是黄瓜—番茄—西瓜—甜瓜—辣椒—叶菜。
②有机蔬菜不同的生育期需水量不同。一般茄果类及瓜类在结果盛期和果实膨大期需水量最大，其次是生长后期，生长前期需水量偏小。
③不同的季节及天气的影响下，有机蔬菜对水分的需求量不同。一般夏季需水量大，其次是秋季，再次是春季，冬季需水量偏少。另外，晴天需水量大，阴天需水少，雨天不干不浇水。
④基质保水性。基质保水性差，需水量多且灌水次数也多；保水性好，需水量少，灌水次数也少。
设施无土栽培，由于人为采用科学的消毒、隔离等生态措施，有效阻断了病原菌和外源虫害的侵染，使有机蔬菜在生长过程中不发生或很少发生病虫害，需要注意的是，在栽培管理过程中，员工进入大棚要进行必要的消毒以及注意穿戴专门的工作服等，严防人员带菌带虫入棚。
有机蔬菜在生产过程中禁止使用任何化学合成的农药、激素等，所以有机蔬菜的病虫害防治要坚持“预防为主，综合防治”的原则，通过高温消毒、合理的肥水管理、轮作、间作等各种生态防治措施，综合防治病虫害。
有机蔬菜栽培中选用抗病虫品种十分重要，另外具有特殊气味的蔬菜品种，如大蒜、洋葱、胡萝卜、莴笋、芹菜等病虫害发生较少；通过轮作、间作以及合理密植等方式，控制栽培环境，减少病虫害发生；通过培育壮苗、嫁接育苗以及合理的水肥一体灌溉技术等途径，促使蔬菜生长健壮，提高对病虫害的抵抗力；此外，还可通过清洁田园，及时拔除病株等措施减少病虫害的发生。
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种子处理：在播种前对种子进行处理消灭种子带菌及虫卵。可采用日光晒种，选择晴天将蔬菜种子晒2～3d（天），利用阳光杀灭附在种皮的病菌。盐水浸种，用10%的盐水浸软荚豌豆（荷兰豆）等蔬菜种子10min（分），可将种子里菌核病菌核漂除和杀灭。
温汤浸种，根据病菌的致死温度进行温汤浸种，杀死种子表皮的病菌，但必须考虑到种子对温度的耐受能力，以既能杀死病菌，又不影响种子正常发芽生长为原则。如瓜类种子的表皮较厚，将种子放入55℃的温水中，然后搅凉至30℃泡种8h（小时），可杀灭种皮带菌。利用害虫固有的趋化性来捕杀害虫。如使用性诱剂、黑光灯捕杀蛾类害虫，利用黄板诱杀蚜虫。
一是利用捕食性天敌昆虫，通过捕食来减少或控制害虫为害，如七星瓢虫捕食蚜虫；
二是利用寄生性天敌昆虫，如寄生蜂类的姬蜂、金小蜂；
三是以菌治虫，即利用害虫的致病微生物来防治害虫，例如苏云金杆菌，可以防治鳞翅目多种害虫；
四是利用有机蔬菜栽培允许使用的某些矿物质和植物药剂进行防治。
在有机蔬菜栽培中允许有限度地使用一些天然或植物性的物质进行病虫害的防治，如用石灰、硫磺、波尔多液等防治病害；用烟叶、大蒜、苦参碱等防治一些虫害。
有机蔬菜栽培中对于其他如光照、温度、空气的控制管理以及茄果类、瓜类蔬菜的理蔓整枝等方法与一般的栽培管理相同。部分瓜果蔬菜利用蜜蜂或人工辅助授粉，可以提高产量，但绝对不可用化学合成的人工激素。