水肥一体化无土栽培番茄，在肥水管理上可以节省劳力，在番茄产量、质量及效益上有所提高，更重要的是番茄的产量和品质能够得到平稳保证。
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1、基地环境保护地：水肥一体化无土栽培，栽培设施全，环境好，栽培环境可控，能有效阻隔病虫害侵染，没有过渡期，可直接生产番茄；而一般土壤栽培，无栽培设施或设施不全，环境好但受环境影响大，难以控制病虫害侵染。
2、水肥管理及病虫害防控：保护地水肥一体化无土栽培技术，其水肥一体化,肥水均匀，操作简便，省工，且病虫害少，可人为措施控制，基地可以长期使用。而一般土壤栽培水肥均匀度难控制，操作麻烦，费工，且病虫害多，难以人为控制，基地生产多年则病虫害严重。
3、番茄的产量、品质及成本效益：保护地水肥一体化无土栽培生产的有机蔬菜产量高，平均在10000 kg 以上，品质好且稳定；一般土壤栽培的有机蔬菜产量偏低，平均为9000 kg，品质难以保证，且产量和品质也不稳定。
4、保护地水肥一体化无土栽培番茄与一般土壤栽培番茄在净收益上有较大提高。由于保护地设施无土栽培能减少病虫害侵染，即使是允许使用的农药也很少用，而一般土壤栽培不能保证没有病虫害的侵染，很难做到绝对不施用农药，并在很大程度上影响了番茄的产量和品质。
5、土壤栽培受环境及人为因素影响较大，故存在产量及品质的不稳定性。