目前国内常用的无土栽培基质是：砂粒、砾石、蛭石、珍珠岩、泥炭土、岩棉等。另外，炉渣、砖渣、木炭、锯木梢、蕨根、树皮和椰糠等也可作基质。基质在使用前需洗净或消毒。
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1、基地环境保护地：水肥一体化无土栽培，栽培设施全，环境好，栽培环境可控，能有效阻隔病虫害侵染，没有过渡期，可直接生产有机蔬菜；而一般土壤栽培，无栽培设施或设施不全，环境好但受环境影响大，难以控制病虫害侵染，且一般土壤上有机栽培要有2~3 a（年）过渡期。
2、水肥管理及病虫害防控：保护地水肥一体化无土栽培技术，其水肥一体化,肥水均匀，操作简便，省工，且病虫害少，可人为措施控制，基地可以长期使用。一般土壤栽培水肥均匀度难控制，操作麻烦，费工，且病虫害多，难以人为控制，基地生产多年则病虫害严重。
3、在无土蔬菜栽培中，为防止落花落果，调节植株生长发育，可综合利用生物激素，喷施乙烯利、矮壮素、九二o、增产灵，浓度要适宜，喷施要均匀。
4、生产中应用的肥料：有机生态型无土栽培和有机基质栽培的肥料主要选用优质有机肥， 包括各种消毒粪肥如鸡粪、牛粪、羊粪、马粪等，饼肥如豆饼、棉籽饼、菜籽饼、芝麻饼、花生饼等。
5、无机肥可选用各种化肥，尤其是复合肥、缓释肥。生产绿色食品或有机食品时，肥料使用应遵循相关标准的规定。