无土栽培蔬菜病害主要分生理病害和传染性病害两大类。生理病害，生产中只要经常更换新鲜的营养液，即可防治。传染性病害中，叶部病害基本与露地栽培相同，腐霉菌引起的根腐病很难防治，有些无土栽培农场因此而废耕。常用的杀菌剂有恶霉灵、多菌灵、甲霜灵等。
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1、恶霉灵：在循环式水培番茄中应用很广。一般在番茄根系从育苗块长出时，按1升营养液加恶霉灵20毫克（有效成分），以后每隔6周施用一次，可有效地防治番茄疫病和黄瓜、甜瓜等的根系病害。
2、多菌灵：每隔2周在1升营养液中混入10 毫克多菌灵，可有效地防治水培番茄黑腐病、褐腐病以及维管束病害。
3、甲霜灵：每隔3周按每升营养液中加入10 毫克甲霜灵，连续3次，也可有效地防治番茄根系病害。由疫霉菌引起的草莓红心病，可用1.6毫克甲霜灵防治，每2周施用一次。芹菜斑枯病用64恶霜·锰锌可湿性粉剂800倍液，芹菜软腐病用农用链霉素，每升150 毫克。
4、无土栽培中农药使用浓度一般都很低，只有每升几毫克到20-30毫克，用量过大或局部浓度过高，会造成药害。如恶霉灵在超过50毫克/升时，会杀死番茄根系。通过滴灌设备供液的基质培养，可先在贮液桶内把农药稀释到所需浓度，混合均匀后再滴入栽培基质中。在循环式水培中要根据养液池的贮液量，分次加入杀菌剂，搅拌均匀后再泵入栽培床，以防局部浓度过高，造成药害。
5、无土栽培要防止连作障碍及连作后产生的传染性病害问题，如轮作可减少前期作物留下的病原菌的危害。此外，在营养液中栽培瓜类作物时，如西瓜可用瓠子作砧木，进行嫁接也可起到抗枯萎病的作用。