连作障碍不仅仅是病虫害的积累问题，土壤、基质、营养液的盐渍化，作物根系分泌物、脱落物的积累以及养分不平衡都属于连作障碍的范畴。
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1、基质栽培比水培的这种变化速率，作物所表现的受障碍程度要缓慢和轻微。这是因基质环境相对于纯水培环境来说，其缓冲性要好得多。
2、水培环境下，营养液定期更换，其有害物质积累和养分不平衡问题会有所缓解。一般在夏季高温季节和作物生长的中后期，这种分泌物和脱落物的积累会迅速递增，水培环境下如果液温超过28℃，根系密度过高时，根系呼吸消耗大量溶解氧而造成局部供养不足时，植物根系表皮细胞就会死亡而腐烂，同时排泄物迅速增加，这种积累造成的障碍程度会迅速恶化，造成更大范围根系的毒害而死亡。根系死亡后微生物寄生分解过程又会进一步恶化根系周围的微环境，较粗的根系也逐渐受害死亡。
3、在水培实践中，我们会经常发现根系死亡腐烂现象，轻则是局部的，重则是整个栽培系统的根系受害而腐烂。这种情况在高温高湿的夏季，同样也会在透气性不好的基质栽培中发生，只是我们不易直接觉察而已。
传染性病虫害一旦不慎侵入无土栽培系统，如果是营养液循环的无土栽培模式，则病虫害会在短期内迅速感染整个栽培系统，如果营养液不采用循环而直接排放，这种受害就比较容易控制。所以，对于营养液循环利用的无土栽培系统来说，除了要做好环境保洁和操作规范以外，对育苗环境和育苗环节的操作同样也不能忽视。对于栽培过程中已经受污染的营养液，除了需要进行消毒灭菌才能从新利用，减缓受感染的速率外，没有更有效的办法来控制其不发展。
建议从事设施栽培的生产企业与专业人员，要通过工程防护手段和从操作管理环节入手，从源头上来杜绝病虫害入侵栽培系统，才能保证无土栽培蔬菜的健康生长，达到减少农药使用，提高蔬菜产品安全性的目的，这也是今后设施栽培和工厂化农业的努力目标之一