基质的选择一般要满足以下要求：无毒无害、透气稳定、方便易得、干净无菌。
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一般河沙、珍珠岩、椰糠、进口泥炭土、岩棉等都可以作为无土栽培基质；其中珍珠岩、椰糠、进口泥炭和岩棉应用最广。
珍珠岩体积轻、无毒无菌、理化性质稳定且非常廉价，在大面积基质栽培中应用较广。不过保水能力差、容易粉化、营养液扩散差、过于轻而固定性差是它的弱点，如果供液不及时、滴灌不均匀，作物容易出现缺水萎蔫，一般会配合泥炭土、椰糠等来使用。
进口泥炭有不同的粗细规格，一般10-30mm和20-40mm适用于蔬果的基质栽培，保水性、通气性、生根性均不错，是目前基质栽培最广泛使用的材料。
不过泥炭土属于不可再生资源，国内的东北草炭土一般以苔草树枝物分解而成，稳定性差，一般需掺混别的基质来使用；进口泥炭土资源多数是高纬度泥炭藓湿地的长年堆积物，稳定性非常好，可单独应用，并能重复使用2-3茬。
岩棉是辉绿石、石灰岩、焦炭三者按 3:1:1 混合，经高温熔化喷成的透气吸水纤维。优点是孔隙度大，可达 96%，吸水性强。岩棉在欧洲的蔬菜无土栽培上应用面积最广，是最常用的无土栽培基质之一。
椰糠（以及椰壳）的透气性、保水性都比较理想，而且无毒无菌、材料可再生、性质稳定（经过消毒可连续使用2-3年），是最理想的基质栽培之一。椰糠的缺点是盐分含量高，但经过清水及营养液的冲洗可以消除这个问题。
目前还有成型的压缩椰糠栽培袋销售，可快速铺设基质栽培设施，方便易用。