无土栽培蔬菜病害主要分生理病害和传染性病害两大类。生理病害，采用水耕法栽培蔬菜经一段时间后，在营养液里积累了许多不需要的离子或毒素，同时也会出现缺素症致植株染病，生产中只要经常更换新鲜的营养液，即可防治。传染性病害中，叶部病害基本与露地栽培相同，但根部病害成为无土栽培蔬菜的突出问题，尤其是腐霉菌引起的根腐病很难防治，有些无土栽培农场因此而废耕。
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一、无土栽培病害的特点
无土栽培中病害与露地或普通设施栽培所发生的病害稍有不同。无土栽培中病害发生的特点：
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一是由种子或种苗传播病害。
经种子传播的病害有真菌病害、细菌性病害、病毒病害三类。在真菌病害中有许多蔬菜种子在成熟过程中被真菌侵入而染病，成为由种子传播的病害；还有一些是在种子采收过程中，由于种子或种皮受到污染，就会把病菌传入营养液里通过营养液的循环造成二次污染，如黄瓜、甜瓜的蔓枯病、炭疽病，番茄枯萎病等。细菌性病害中番茄的溃疡病、瓜类的细菌角斑病均可由种子进入营养液中，污染栽培床引起发病。
在病毒病害中，许多病毒可由种子传播，如瓜类绿斑花叶病毒、甜瓜坏疽斑点病毒、番茄嵌纹病毒等，都可经过种子进入设施内。
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二是由空气或设施内地表污染传播病害。
许多真菌或细菌病害常借气流及土表的污染进入营养液而传病，如甜瓜、黄瓜的白粉病、番茄白粉病都是孢子随气流漂入栽培床的。甜瓜蔓枯病、疫病病菌借设施的污染或尘土飘浮至植株表面而致病。此外，黄瓜绿斑嵌纹病毒也可经污染的土壤而传病。
三是借水污染传播病害。
无土栽培中营养液的水源为地下水，病菌容易在水源输送过程中进入营养液，如番茄青枯病及白菜类、甘蓝类蔬菜软腐病。
四是工具传播病害。
如茄果类、瓜类的病毒病、细菌性病害，常通过整枝、打杈、绑蔓、采收过程中工具或手传播。此外，能进入设施内的蓟马、粉虱、蚜虫也可传播各类病毒病。
五是使用污染的营养液或营养池也能传病。
如前作发生细菌软腐病后，病菌会残留下来，定植新的菜苗后，病菌即可危害新苗。
二、无土栽培主要病害的防治
防治无土栽培时发生的病害，应贯彻排除病害、避开病害及利用病害三原则。
一是种子消毒。
种子可利用干热灭菌，如70-72℃处理3天或用53-55℃温汤浸种20-30分钟或用次氯酸10-100 倍液浸种60分钟，皆可清除种子上的病原菌。
二是营养液槽和工具消毒。
用75%酒精或高锰酸钾50-100倍液消毒营养液槽及工具，防止病原菌存活留下隐患。
三是棚室和设备的消毒。
种植前，温室、大棚内外要清除所有的植物残体，地面铺上洁净的塑料薄膜隔离土壤。空间消毒可在大棚内均匀放置3-4 只大口瓶，倒入高锰酸钾和甲醛，每立方米空间用高锰酸钾4克、甲醛4克，大棚密闭24小时后通风，待药剂挥发干净后再种植。栽培设施和器具的消毒，可用中性次氯酸钙1000倍液浸泡或流动冲洗1-2 天。消毒用过的残液可排到温室地面或周围土壤作为环境消毒。设施器具消毒后，要用清洁的水冲洗掉残液，以防药害。
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四是营养液的消毒。
营养液可采用物理、化学或杀菌剂处理等方法进行消毒杀菌。物理方法主要有过滤、紫外线灭菌、超声波处理、巴氏德灭菌等；化学方法主要有臭氧处理、表面活性剂及农药等。
五是操作人员的清洁卫生。
操作人员进出大棚或温室时，要先在门口的消毒槽中浸有消毒液的泡沫垫上踩一踩。选用84消毒液或0.3%漂白粉，消毒液至少每周添加一次，同时还要告诫有关人员不能在水池中用营养液洗手等。