无土栽培中病害与露地或普通设施栽培所发生的病害稍有不同。无土栽培中病害发生的特点：
一是由种子或种苗传播病害。经种子传播的病害有真菌病害、细菌性病害、病毒病害三类。在真菌病害中有许多蔬菜种子在成熟过程中被真菌侵入而染病，成为由种子传播的病害;还有一些是在种子采收过程中，由于种子或种皮受到污染，就会把病菌传入营养液里通过营养液的循环造成二次污染，如黄瓜、甜瓜的蔓枯病、炭疽病，番茄枯萎病等。细菌性病害中番茄的溃疡病、瓜类的细菌角斑病均可由种子进入营养液中，污染栽培床引起发病。在病毒病害中，许多病毒可由种子传播，如瓜类绿斑花叶病毒、甜瓜坏疽斑点病毒、番茄嵌纹病毒等，都可经过种子进入设施内。
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二是由空气或设施内地表污染传播病害。许多真菌或细菌病害常借气流及土表的污染进入营养液而传病，如甜瓜、黄瓜的白粉病、番茄白粉病都是孢子随气流漂入栽培床的。甜瓜蔓枯病、疫病病菌借设施的污染或尘土飘浮至植株表面而致病。此外，黄瓜绿斑嵌纹病毒也可经污染的土壤而传病。
三是借水污染传播病害。无土栽培中营养液的水源为地下水，病菌容易在水源输送过程中进入营养液，如番茄青枯病及白菜类、甘蓝类蔬菜软腐病。
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四是工具传播病害。如茄果类、瓜类的病毒病、细菌性病害，常通过整枝、打杈、绑蔓、采收过程中工具或手传播。此外，能进入设施内的蓟马、粉虱、蚜虫也可传播各类病毒病。
五是使用污染的营养液或营养池也能传病。如前作发生细菌软腐病后，病菌会残留下来，定植新的菜苗后，病菌即可危害新苗。