1、投资大。通过以上对基质栽培式鱼菜共生系统的成本收益分析，系统初始投资金额巨大，要达到 106.8 万元，这不是普通的中国农民能够负担的。而且，在大规模的投入资金之后，并不会在短期内就立刻见到回报。
2、技术难。鱼菜共生系统是一个闭环的生产系统，不存在害虫和杂草，不使用肥料和农药，它的良好运转主要是依赖于系统中的鱼、微生物和蔬菜三者之间的平衡。要想达到这个目标，就要求系统的操作者要对动植物学和生物学有一定的了解，要具备相关专业知识。而这样的高要求显然是高于当前我国农民的基本素质的。
3、风险高。在系统开始自循环之后，还有一个最大的风险就是系统的不确定性。因为整个系统是一个相互影响的整体，所以其中有任何一个环节出现问题，都会导致整个系统的瘫痪崩溃，进而出现无法挽回的毁灭性后果。
想要发展鱼菜共生系统，就要克服系统在技术和管理方面的难题。采用专家讲解、现场演示等形式来进行开展这些培训，进而助推鱼菜共生系统的发展。