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1.根部温度管理 

作物根系生长和吸收养分的适宜温度一般在18～25℃之间，冬季当室温降到15℃左右时，基质栽培中的温度也降到13～15℃，由于根系生长并不需要温差，温度过低很快影响根系活力，导致蔬菜生长缓慢和叶片黄化；夏天当室温达35℃甚至更高时，的温度就会超过30℃，引起根系呼吸过于旺盛而缺氧，并迅速引起根系和植株茎叶的衰老。

2.基质隔离保护 

基质栽培为了提高保水、保肥能力，一般都应有保护基质和根系的容器，槽式及沟式培也必须用薄膜隔离土壤，以免根系扎入土中和引起水肥渗漏。但为了防止根部积水，底部需要保留少量排液孔，还要考虑废液的回收利用，以免造成地下水的硝酸盐污染。

基质表面不覆盖（保湿），夏秋高温季节很容易引起表面的盐分积累和引起藻类滋生，进而引起根部透气不良。有机生态型无土栽培和常规敞开槽式基质栽培都存在盐分积累问题，应该采用具隔热并保湿的材料覆盖根基表面。

3.供液设施 

基质栽培一般都采用滴灌供液，由于北方水质钙镁离子含量高，加上营养液本身的多种矿物质离子的存在，生产上容易出现滴灌设施堵塞现象，尤其是微孔滴管设施，堵塞的频率就更高。