技术要求高，普遍推广较困难
因作物不同品种和不同生长阶段对养分的需求不同，导致营养液的配置与管理需要有接受过技术培训的专业人员完成，不能广泛地被一般的劳动者所掌握．营养液配置时所用的专用化肥，市场上不易买到，并且价格高昂，这也成为了无土栽培技术没有被广大劳动者掌握的原因之一。
废弃液存在污染环境的风险
无土栽培离不了营养液，与营养液配制相配套需一系列设备，如，测试系统、循环泵等，并且如果是开放式栽培技术，存在废弃营养液硝酸盐含量高，排放后易引起水体富营养化的危险；如果是封闭式栽培技术，营养液中大量有机质的存在易滋生病原菌，给作物带来毁灭性破坏的风险。
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系统设备投资成本高
各种应用营养液来灌溉作物的无土栽培系统，一般每667㎡地一次性投资至少6000元以上，有的甚至高达５～６万元，即使较实用的有机生态型无土栽培系统，其一次性投资也达2000～3000元。为从长远看，通过引进国外设备和技术进行本土化改良，研究和开发适合我国国情的无土栽培系统是发展的关键。
政府的扶持力度不够
目前国内出台了很多惠民政策，其中就包括农机具补贴，但大多数省份就只有设施大棚有补贴，而实现无土栽培自动化及智能化所需要的智能温室并不在扶持范围内。
每个新兴技术在应用的过程或多或少都会存在这样或那样的问题，无土栽培技术就是一个非常鲜明的案例，但这项有利于可持续设施园艺发展的技术还是值得从业者去探索的，洞悉这项技术的每一个细节。