进行有机生态型无土栽培必需具备一定的保护设施，如温室、日光温室和大棚等，“在这些保护设施内还需安装有机生态型无土栽培系统，包括栽培槽、栽培基质和灌水设施等。有机生态型无土栽培主要采用基质槽培的形式，适宜用作有机生态型无土栽培的基质很多，如：草炭、蛭石、珍珠岩、炭化稻壳、椰子壳、棉籽壳、树皮、锯末、刨花、葵花秆、玉米秆、沙、砾石、陶粒、甘蔗渣、炉渣、酒糟、蘑菇渣等，因而无土栽培生产者应根据当地的具体情况，选择适合本地区需要的基质。
有些基质可单独使用，如沙、珍珠岩等，有些基质需混合使用，常用的混合基质有：4份草炭加6份炉渣、5份沙加5份椰子壳、5份葵花秆加2份炉渣加3份锯末、7份草炭加3份珍珠岩、5份菇渣加5份炉渣等等。基质使用年限可达3－4年。
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有机生态型无土栽培的温度、湿度和光照管理及茬口安排等与土壤栽培基本相同。