水耕的营养液配方一般主要使作物长得好长得快，但水耕配方中可能缺乏人体所需的物质，尤其在现在的科学知识有限之下，水耕栽培的产品无法像土壤中栽培的健全是可以推测的。
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1、生命科学在30多年来已大有进步，可是对人类的抗病、抗癌及健康与天然物质有关的知识尚嫌不足，只在有限的营养配方中生长的作物，将产生何种缺失，不是立即能估计的，这点值得讨论与思考。
2、现在科学知识中已知硒（Se）是人类的微量元素，尤其最近更显示癌症、心脏疾病及其他疾病与体内的硒含量有关。过去并不知硒有何重要，因为在土壤栽培的食物一般都含有这个元素。
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3、硒就像其地重金属一样，大量摄取是有毒的，长期食用不健全的食物或偏食不健全的食物，都可能是问题的来源。水耕栽培作物可以大量直接吸收加入营养，这些营养是植物营养，不一定是人体的营养，我们需要有这种认知。
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4、吸收大量无机营养的作物，若未经转化而累积，它的安全性需要列入考虑，尤其需要控制硝态氮或亚硝态氮，以及所用植物养分中所含之重金属的问题，需要观察及检测，并加强产品品质。
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5、水耕栽培的基质或营养液需重视循环利用，减少对环境污染：水耕栽培的营养液或基质使用数次后，由于作物根部分泌物的大量释放，不易种出优良的产品，于是需要弃置。不当的弃置也可能造成环境污染，尤其是大量使用过的营养液被弃置，应重视弃置的位置，及循环再利用的研究。