1、地面隔离：无土栽培温室地面必须设置土壤隔离覆盖物，采用园艺地布（一种专用于地面铺设的塑料编织物）或塑料布铺设整个温室地面，避免土壤对无土栽培系统的污染，还可以降低空气湿度。
2、设施封闭：栽培的容器、营养液池、供液管路的封闭性要好，以避免病菌、昆虫、枯枝烂叶、尘土等污染营养液和侵入作物根部。
3、材料消毒：对种子、种苗、基质、栽培设施及工具应进行严格消毒，以杜绝病虫害的初次侵染源。
4、温室防护：温室的通风口及门窗必须增设防虫网，减少外来虫源。
5、环境调控：避免出现高温干燥（预防病毒病）；低温高湿（预防真菌和细菌病害）；根部温度过高或过低、根部积水（预防沤根及根腐病）；倒温差和长期寡照（预防生理衰弱）等不利环境条件的出现。
6、无土栽培不施用人粪尿、厩肥等农家肥料，加之病虫害相对较少，又不大量施用农药，不喷洒除草剂，因此，其产品减少了肥料、寄生虫、农药以及病菌污染，清洁卫生无公害。